De nombreux universitaires et critiques ont abordé le sujet de la dépendance financière de l’Union africaine (UA) à l’égard des partenaires extérieurs. Comme l'a dit Oyoo Sungu : « L’UA aboie très fort mais ne mord que faiblement. C’est parce qu’il lui reste à devenir indépendante financièrement et, à terme, politiquement ». Qui contrôle vraiment l’ordre du jour au sein de l’UA et surtout, ses organes de protection des droits humains, comme la Commission Africaine des droits de l'homme et des peuples (CADHP), la Cour Africaine des droits de l'homme et des peuples (CAfDHP), et le Comité africain d'experts sur les droits et le bien-être de l'enfant (CAEDBE) ?
Si les organes de protection des droits humains reçoivent de l’argent de l’UA pour leur fonctionnement, leurs programmes ne sont que faiblement financés. Par exemple, le budget 2016 de fonctionnement de la CAfDHP était financé par les États membres alors que les programmes étaient financés à 100 % par des partenaires donateurs.
Pour remédier à ce problème, Olusegun Obasanjo, l’ancien président nigérian, avait proposéa, en 2011, de mobiliser des fonds par le biais d'une taxe sur les billets d’avion, les SMS et les nuits d’hôtel. Cependant, les pays pour lesquels le tourisme constitue la principale source de revenus avaient critiquéèrent le fait que cette proposition se focalise sur le secteur du tourisme tout en laissant de côté les secteurs pétroliers et miniers. Depuis lors, l’UA a pris plusieurs décisions pour avancer sur la voie de l’indépendance financière. Par exemple, pendant le sommet des chefs d’États et de gouvernement de janvier 2015, les dirigeants ont pris des décisions sur le rapport sur les sources alternatives de financement de l’Union africaine et ont souligné la nécessité d’un barème approprié pour les contributions des États membres. Au final, les dirigeants ont décidé que : a) les États membres financeraient le budget opérationnel à hauteur de 100 % ; b) les États membres financeraient le budget programmatique à hauteur de 75 % ; c) les États membres financeraient le budget opérationnel de soutien à la paix à hauteur de 25 %.
