Durante as décadas de 1980 e 1990 no Equador, homossexuais, travestis e transexuais sofreram extrema perseguição e repressão violenta nas mãos da polícia; incluindo extorsão, detenção arbitrária e indefinida, tortura e execuções extrajudiciais. Quando o Equador descriminalizou a homossexualidade em 1997, a repressão policial foi reduzida ligeiramente, enquanto, paralelamente, grupos neonazistas começaram a praticar "limpeza social" contra essa população no final dos anos 1990 e 2000, incluindo assédio contínuo, ameaças de morte e assassinatos. Como não havia entidades estaduais acessíveis para denunciar essas violências, essas violações de direitos humanos nunca foram investigadas ou sancionadas.
Em 2007, o Presidente Rafael Correa confiou à Comissão da Verdade do Equador a investigação de violações de direitos humanos durante o período 1984-2008, com especial atenção à administração de León Febres Cordero (1984-1988). Questões relacionadas à homofobia e transfobia foram inseridas no relatório final da Comissão da Verdade do Equador como elementos contextuais, pois contrataram um especialista na abordagem de gênero.
No entanto, o desenho da investigação inicial não foi criado levando em conta as violações dos direitos humanos de pessoas com gênero ou sexualidade não normativa. Dos 119 processos judiciais que a Comissão encaminhou à Procuradoria-Geral para acusação, um deles é emblemático da tortura de gays na prisão.
