Durante las décadas de 1980 y 1990 en Ecuador, los homosexuales, y las personas trans sufrieron la persecución extrema y represión violenta a manos de la policía; incluyendo extorsión, detención arbitraria e indefinida, tortura y ejecuciones extrajudiciales.
Cuando Ecuador despenalizó la homosexualidad en 1997, la represión policial se redujo ligeramente, mientras que en paralelo, los grupos neonazis comenzaron a realizar prácticas de 'limpieza social' contra esta población a finales de los años 1990 y 2000, incluyendo el hostigamiento continuo, las amenazas de muerte y los asesinatos. Como no había entidades estatales accesibles para denunciar estas violencias, aquellas violaciones de los derechos humanos nunca fueron investigadas ni sancionadas.
En 2007, el presidente Rafael Correa encomendó a la Comisión de la Verdad ecuatoriana que investigara las violaciones de los derechos humanos durante el período 1984-2008, con especial atención a la administración de León Febres Cordero (1984-1988). Temas en relación a la homofobia y transfobia fueron insertados en el informe final de la Comisión de la Verdad de Ecuador como elementos contextuales, porque contrataron a una especialista en el enfoque de género.
