Em 8 de junho, quase dois meses após o trâmite da petição, a CIDH chegou à Colômbia para acompanhar a situação das manifestações. Entre os dias 8 e 10 de junho, a delegação se reuniu com diversos atores da sociedade civil e com autoridades distritais, municipais e nacionais, bem como com o representante do escritório do Alto Comissariado das Nações Unidas para os Direitos Humanos (ACNUDH) na Colômbia.
Em 7 de julho, a CIDH publicou um relatório, com base em 302 depoimentos individuais e coletivos, no qual faz importantes recomendações ao Estado colombiano com relação ao direito ao protesto social; o uso excessivo e desproporcional da força em protestos; violência de gênero e discriminação étnico-racial; assistência militar, transferências para proteção e desaparecimento de cidadãos; violência contra jornalistas e missões médicas; e bloqueios de estradas.
As duas principais recomendações da CIDH foram recebidas com polêmica por dirigentes e formadores de opinião colombianos. A primeira recomenda que a Colômbia separe a polícia do Ministério da Defesa. A segunda recomenda que funcionários eleitos pelo voto popular possam ser removidos de seus cargos apenas por ordem de um juiz criminal.
No relatório, a CIDH também destacou que existe um "clima de polarização" na Colômbia que se deve, segundo eles, à "discriminação étnico-racial estrutural e de gênero" existente no país, questões que foram trazidas à tona durante as manifestações.
Separação da polícia e do Ministério da Defesa
Talvez a recomendação mais enfática das 48 páginas do relatório seja separar a Polícia Nacional e seu Esquadrão Móvel Antimotim (ESMAD) do Ministério da Defesa para “garantir uma estrutura que consolide e preserve a segurança com uma abordagem cidadã e de direitos humanos e que evite qualquer possibilidade de perspectivas militares". Com isso, a CIDH defende uma separação entre as forças policiais e o Exército, evitando que práticas militares sejam utilizadas contra manifestações civis.