En abril de 2016 Berta Cáceres fue asesinada en su casa, con tiros que le dispararon a quemarropa. La noticia de su asesinato resultó devastadora para los líderes ambientales del mundo y, especialmente, de Latinoamérica. Incluso el presidente de Honduras, Juan Orlando Hernandez, a quien Berta le hizo una fuerte oposición, se pronuncio públicamente y afirmó que haría todo lo necesario para encontrar a los responsables del asesinato de Berta.
En las horas y días posteriores al asesinato, los medios hablaban de un robo a mano armada, incluso de un crimen pasional. Decían que a Berta la podía haber matado alguna expareja, pero cuando se supo de su muerte su familia y sus compañeros de lucha no dudaron un segundo en que había sido asesinada por su oposición a DESA, empresa que buscaba construir una hidroeléctrica en Río Blanco, un territorio indígena que Berta defendía.
Roberto David Castillo, gerente general Desarrollos Energéticos S.A. (DESA) , "ha tenido participación en la presente causa como coautor en el delito de asesinato en perjuicio de Berta Isabel Cáceres", dijo una juez al leer la sentencia en audiencia oral pública.